最近Macbook-proを外付けディスプレイに接続した後、もともとトップ&ダウンに設定されたディスプレイの配置は必ず左&右になってしまう。最初は再起動したらなんとなく直るだろうと思ったので、一旦この問題を無視した。
しかし、なかなか直らないので、グーグル先生から解決方法を聞いた。

external-monitor-resolution-setting-is-lost-after-macbook-wakes-up-from-sleep

ちょっと違う問題なんですが、一応効く。要は再起動する時に[cmd] + [opt] + [P] + [R]でNVRAMをリセットするということです。

NVRAMに関する紹介はこちらにあります。
How to Reset NVRAM on your Mac